莫克瓜战役中太平军不畏牺牲奋勇杀敌，将秘玻联军打得很惨，当日指挥秘玻联军的司令官几乎发疯，战场上到处是被太平军砍杀的秘玻联军，太平军也有400人伤亡，他们夺取了4门大炮和15面军旗、大量的辎重和200余匹战马，西拉皮佐授予陈永碌智利国会勋章，并给予阵亡太平军家属抚恤。接着太平军又在塔克纳和阿里卡两次战役中配合智利军队彻底打败了玻秘联军，至此，智利军队已占领了玻秘两国太平洋沿岸全部硝石产地，玻利维亚失去了继续进行战争的能力，并实际上退出了战争。
战争结束以后智利政府决定将伊基克赠给太平军余部，成立一个自治镇，但条件是继续帮助智利攻打秘鲁，但太平军不愿意继续为异国当炮灰，他们没有接受，甘愿融入当地社会。据说今天的伊基克当地人口中有1/4的人有华人血统，那里的饮食文化也深受中国影响，当地语言中餐馆叫“其发”（广东话吃饭），混沌被称为“完蛋”（浙江话混沌）。
1881年1月17日智利军队攻占秘鲁首都利马。1883年10月20日，秘鲁与智利在利马北部安孔城签订条约，结束了太平洋战争。根据安孔条约，秘鲁将塔拉帕卡省割让给智利，并将塔克纳和阿里卡两地区交给智利管辖10年。玻利维亚则先后于1884年和1904年与智利签订瓦尔帕莱索协定和“和平友好条约”。玻利维亚丧失了安第斯山脉与太平洋沿岸之间的全部领土，变成了一个没有出海口的内陆国，严重地影响了其经济的发展。
