当有些地方暗地搞包产到组的事情汇报到省委后，万里同志立即批示“我看可以试验。”1979年2月初省委又开会专门讨论包产到户问题。不少人因为过去在这个问题上挨过批判，不敢表态。万里说：农民普遍希望包产到户。过去批判过的东西，未必是错误的，必须在实践中加以试验，我主张在山南区进行包产到户试验。山南区的试验很快见到成果，并传到别的地方，滁县地区很快就有17%的生产队包产到户。农民说，大包干就是好，保证一年能吃饱。1979年虽然安徽遇到旱灾，但农民积极性高，粮食还是增产了。当时还在国务院主管农业的陈永贵说万里是“好行小惠”。安徽干部却说：几千万人有了饭吃，还卖余粮给国家，难道这是小惠吗，与国与民都是大实惠。
后来，包产到户在全国引起争论，农民暗里悄悄地搞，干部装不知道，怕说包产到户是分田单干。在这种情况下，万里是第一个站出来为包产到户正名的。1980年1月，在一次重要会议上，万里说：“包产到户原则上不同于分田单干，虽然形式上与分田单干相似，而生产资料所有制并没有变，土地所有权仍然是公有的，生产队有权根据情况加以调整。”不久，四川、内蒙、河南、贵州都普遍推行包产到户。因此，时任党中央总书记的胡耀邦同志说：“包产到户，万里第一、紫阳第二、周惠第三。”1980年4月2日，邓小平同志同万里谈话时，充分肯定了安徽的做法。同年5月31日邓小平同志在另一次谈话中又一次称赞安徽凤阳县绝大多数搞了大包干，也是一年翻身，改变面貌。他说：“有的同志担心，这样搞会不会影响集体经济。我看这种担心是不必要的”。
由于当时国家农委的主要负责人不赞成农村搞包产到户，中央于1980年3月调万里同志任国家农委主任，全面主持农村改革。万里上任后，首先组织农口各部门大批干部赴各省农村调查，倾听农民意见。
调查结果表明：绝大多数农民和基层干部赞成包产到户。已包产到户的增产明显。
在摸清全国情况的基础上，万里主持召开农委党组扩大会议，分析形势、统一思想。在这次会议上万里批评了左倾残余思想在农村改革上的表现。认为不肃清“左”，农业永远不能翻身。
之后，国家农委起草了一系列文件，总结了很多经验，采取了一系列措施，将包产到户规范为双层经营家庭联产承包责任制，在全中国推广。万里同志还领导制订了五个“一号文件”，使中国农村改革有序前进，创造出了举世震惊的奇迹——八亿农民平稳地从人民公社的桎梏中解放出来，谱写新的篇章，农业连年丰收。
万里担任副总理后，仍然主管农业，对全国农村改革把脉定向，对农村工作作出过许多精辟指示。他在任全国人大委员长期间，还为全国农村发展制定了一些法律，尤其是他提出要把农村家庭联产承包责任制长期不变写在宪法中。这个意见，在修宪中被采纳。
为了支持、引导农村改革的健康发展，在万里主持下，党中央、国务院连续发了五个一号文件。但这些文件并没有下命令，说一定要在哪年哪月全面推开，而是各地看到承包所显示出来的优越性，然后很快自发推广的。有的地方想挡也挡不住。结果，实践证明凡是实行了家庭承包的地方，农业生产状况迅速改观，出现了惊人的增长。改革解放了生产力。在事实面前，绝大多数同志的思想逐渐统一起来了，家庭承包责任制在全国迅速推开，并且在以后的实践中逐步完善，最终形成了现在这种以家庭联产承包为主，统分结合的双层经营体制。这是在中国共产党领导下广大农民对社会主义制度的一项伟大创新。其伟大之处就在于它使生产力最基本的要素——劳动者获得了第二次解放，而这一解放的实质，又在于使农民获得了对土地这一基本生产资料的经营自主权，获得了对自身及其劳动所创造价值(大部分)的自由支配权。.
1989年那场风波之后，有人想借社会主义教育之名，否定农村改革的大方向，要让农民重走“一大二公”的合作化道路，万里同志与其他同志一道坚决顶住了这股错误思潮，受到小平同志赞扬。已经吃饱了肚子，并日益富裕起来的农民，永远都不会忘记在关键时候挺身而出为他们创造出经验、争得自主权的万老。
