张闻天显然采取了拖延战术。以后的二审三审，他其实也在故意拖延。张闻天夫人刘英回忆说，被南开红卫兵审问的那段日子，张闻天“很为踌躇”。他既不愿不顾事实，将责任推卸给刘少奇，而使他蒙冤受害；也不愿尊重事实，明言此事毛泽东知晓，而领受“炮打无产阶级司令部”的罪名。
张闻天考虑再三，决定给知道此事真相的康生去信。在信中张闻天只是含蓄地说，此事回忆的结果是“经中央批准”，这样回答是否可以，望康生查了档案后明示。接连去了两封信，都不见回音，张闻天决定独自承担责任，在向南开红卫兵的“交代材料”里，他写道：“我现在记得，当时我没有把此事报告毛主席，或提到中央特别讨论。”
审完张闻天，事情的“真相”也就清楚了。1967年3月16日，中共中央印发了《薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等人自首变节材料》及批示。此材料由康生掌控的“彭真专案组”写成，而批示不过是更加提纲挈领。批示说：“薄一波等人自首叛变出狱是刘少奇策划和决定，张闻天同意，背着毛主席干的。”“薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等人本来就企图叛党保命，刘少奇的这个决定，就成为他们自首叛党的合法根据。”批示还引用了毛泽东1月31日在别处的一段批语：“党政军民学、工厂、农村、商业内部，都混入了少数反革命分子，右派分子，变节分子。此次运动中这些人大部自己跳出来，是大好事。应由革命群众认真查明，彻底批判，然后分别轻重，酌情处理。”
粉碎“四人帮”、结束“文化大革命”后，“六十一人案”当事人及受牵连人员不断向中央申诉，要求平反。1978年12月16日，中共中央发出《中央同意中央组织部〈关于“六十一人案”的调查报告〉的通知》，正式为“六十一人案”平反。
