“活佛转世”是藏传佛教一个特有的文化现象，并不见于汉传佛教和南传佛教。 “活佛转世”是中国历朝中央政府为了维护祖国的领土完整，保护藏传佛教有序传承，稳定边疆的一种政治举措。活佛转世制度是西藏佛教寺院为了解决自己的领袖人物的继承问题而建立的一个制度。这点是所有藏传佛教的信众必须要清楚和了解的。
目前藏传佛教最大的几个活佛转世体系都是历朝中央政府册封的，如我们知道的达赖活佛转世体系、班禅活佛转世体系、大宝法王转世体系，章嘉呼图克图转世体系等等。这些活佛转世体系无一不受命于历朝中央政府节制，接受历朝中央政府领导。
历朝中央政府不但有册封、认证“活佛转世”的权力，也有禁止活佛转世的先例。清朝乾隆皇帝就以“叛国罪”禁止噶玛噶举红帽系活佛转世，使这一支的活佛转世系统断绝。
很多人知道噶玛噶举黑帽系（即现在的十七世大宝法王的传承），但是不知道历史上还有一个红帽系的活佛转世系统。噶玛噶举红帽系是因为它的第一世活佛札巴僧格（1283-1349年）得到元朝帝室成员赐给的一顶红色僧帽而得名的。
红帽系第十世活佛，也是最后一个红帽系活佛名字叫却朱嘉错，他是六世班禅贝丹意希（1738-1780年）的同母异父兄弟。六世班禅在1780年乾隆皇帝七十寿辰时专程来内地庆寿，住在热河的须弥福寿寺。当年冬，因出痘在北京圆寂。当时乾隆皇帝和满、蒙、汉各族王公大臣对六世班禅的馈赠和赙仪甚多，总计约值数十万两白银。六世班禅的另外一个哥哥仲巴呼图克图当时担任扎什伦布寺的总管，他以教派不同为名，不愿将这笔钱财分给却朱嘉错，想全部据为己有。却朱嘉错对此愤愤不平。于是，他逃到尼泊尔勾引廓尔喀统治者发兵侵入西藏，抢劫扎什伦布寺的财宝。
乾隆皇帝派清朝著名大将福康安统领大军进藏驱逐廓尔喀侵略军时，却朱嘉错畏罪自杀。福康安率大军不但驱逐廓尔喀军出西藏，还攻入尼泊尔，后命令廓尔喀王归还却朱嘉错的尸骨及其妻子儿女、门徒随从等，作为停战的条件。
后来乾隆皇帝命令把却朱嘉错的尸骨分别挂在前后藏及康区的各大寺院，以为叛国者戒，把红帽系所属寺院、土地、牧场、农牧奴全部查抄归公，红帽系僧人一律勒令改宗黄教，禁止红帽系活佛转世，噶玛噶举红帽系从此断绝。
有意思的是，乾隆皇帝不是第一个下令禁止活佛转世的人，西藏地方政权曾经下令禁止达赖喇嘛转世，这段历史就更加鲜为人知。
三世达赖喇嘛索南嘉措圆寂后一年，曾被明穆宗封为顺义王的蒙古土默特部的汗王俺答汗的孙子苏密尔的儿子出生，这个幼童被认定为索南嘉措的“转世灵童”，这就是四世达赖喇嘛云丹嘉措（1589-1616年）。
达赖喇嘛转世到蒙古王公家中，这是黄教上层和蒙古族统治阶级在当时的形势下做出的对双方都有利的微妙安排。它使黄教在与西藏其他教派和地方势利的斗争中，可以依靠蒙古族的军事力量。而当时的黄教领袖们居然都同意云丹嘉措为索南嘉措的转世灵童，这就反映出黄教寺院集团在当时争取外族军事力量支援的心情是如何急切。
1602年蒙古方面派遣军队护送云丹嘉措进藏，在路上走了一年多，于1603年到达拉萨。四世达赖喇嘛和护送他的蒙古军队的到来，使后藏地区的新兴起的辛厦巴家族十分不安，他们加紧了以武力控制前藏的努力。
1605年，辛厦巴家族的丹松旺布占领了拉萨北部的盆城，1610年辛厦巴家族的领袖，西藏地方政权——第悉藏巴政权的建立者彭错南杰（1586-1620年）切断了拉萨的黄教势力和山南帕竹家族的联系，击败了帕竹家族和其他地方势力的联军部队。
1612至1613年间，彭错南杰的势力扩展到了拉萨周围，与黄教势力和支持它的蒙古军队产生了一些摩擦。这一时期，蒙古族上层人物以朝佛的名义来到拉萨，他们带着大批随从来支持黄教。双方都意识到冲突不可避免。在这种紧张的敌对形势下，1616年底，四世达赖云丹嘉措突然死于哲蚌寺。有说这是因为彭错南杰得了一场重病，怀疑是由于云丹嘉措念了咒经的缘故，所以派人刺杀了云丹嘉措。
四世达赖去世后，彭错南杰下令禁止达赖喇嘛转世。后来蒙古军事力量于1617年、1621年两次进藏与第悉藏巴交战，彭错南杰又于1620年病死，这样五世达赖才得以转世。
