可惜的是，他虽有这方面的能力，却最终没有如愿。他颇有战略眼光，但“家庭影响”制约了他人格的发展——西方心理分析学家阿德勒认为，一个人在生命开初的若干年，会在心灵和肉体之间建立起最根本的关系，从而发展出一套独特而固定的行为模式、生活样式，并产生相对应的情绪和行为习惯，而这样的生活样式及情绪、习惯几乎会贯穿于其一生的所有表现中。
洵非虚言，正是这一原因，使郑成功一生都摆脱不了海盗思维、浪人性格。他的这两大致命缺陷，表现在日后——那就是只为了维护自身的利益而抗清，对于全国范围内的其他抗清势力只作声援，不予配合，这种“隔岸观火”、“不以大局为重”的取向，阻碍了反清势力的战略联动，不能让清军腹背受敌，顾此失彼。各路清军能拧成一股绳，全力打击抗清势力，而各股抗清势力却貌合神离，终于被清军各个击破。郑成功在东南沿海难以立足，被迫东渡攻台，实为咎由自取。此外，从他以变态的手段对待母亲遗体的行为来看，也可以发现，他的血液中依然流淌着日本浪人的那种残忍暴戾、易走极端的冥顽因子，这也正是他无法避免“自食苦果、自掘坟墓、自毁长城、众叛亲离”的悲剧命运的一个重要原因。
二、1647年9月间，泉州战役结束后，郑成功加强了自身力量的积聚，广泛招募文武人才。在“反清复明”的口号中，大批爱国知识分子相继而来。起初，郑成功对他们礼敬有加，每遇重大事件都会征求他们的意见，逐渐形成了一个善于理政的文官幕僚班子。同时，他还凭借自己在隆武朝廷中的地位以及郑芝龙的旧关系网，招集兵将，增强自己的军事实力。在他的宣传攻势中，陆续又有反清将领、随郑芝龙降清复又懊悔的闽中将领、深怀故国之思的“降清明将”奔走而来。
随着队伍的不断壮大，军需供应问题很快浮出了水面。由于郑军控制的地区仅限于沿海岛屿以及小片滨海土地，而靠当地的物力与财力，根本不能维持一支庞大的舟师、陆战部队及其家属的日常生活。郑成功是如何解决后勤问题的呢？
他采取了两个措施：首先，他继承了郑芝龙开创的海上贸易事业，充分利用自己的水师优势，把内地出产的物资通过秘密渠道运往海外，从中赚取高额利润，购买军需品的费用由此而来。其次，是在攻占地区征收粮饷，有许多史料可以证明，郑成功摊派的田赋、征发的劳役苛重之极，此举虽然解决了郑军的燃眉之急，但如此竭泽而渔，却直接导致了民心的向背：百姓宁可做清朝的顺民，也不愿做郑军辖下的“义民”。“民心尽丧”，这也正是郑军在攻占许多沿海土地之后，往往不能立足的根本原因，何况，有时还不是单纯的征税问题，更有那“赤裸裸地掠夺民财”的事件频繁发生。沿海百姓纷纷将郑军视作海盗，避之惟恐不及。郑成功自然就难以在军事上取得大的进展。
由于福建多山地，和平时期就缺粮，需要从广东的潮州、惠州转贩粮食，以弥补闽中困境。因此，即便郑成功收尽闽中粮食，也难以养活自己庞大的军队。运筹良久，他决定西取“粤南大粮仓”——潮州，来永久性地解决军粮供应的问题。
可是，1648年的潮州，尚在明军手中。郑成功图谋夺取潮州的行为，就属于挑起明军内讧的“不义”之举。郑成功师出无名，不能不有所顾忌。他思来想去，认为为了郑氏集团的长期利益，哪怕从此担上恶名，也在所不惜。几天后，他致信潮州总兵郝尚久，以“联兵”为由要求常驻潮州。郝尚久断然拒绝，郑成功闻讯，终于扯下了温情脉脉的道德面纱，兵锋直指潮州地区。
这年12月17日，郑成功亲率大军猛攻明军郝尚久部，肆无忌惮地大打内战，作战期间，郑军小股部队“在民间搜刮粮饷”的劣行从未停止。由于倾巢出动，兵力强劲，郑军先后占领潮州府属各州县，于1650年兵围潮州府城。
南明朝廷对郑成功挑起内战的举动极为不满，可惜中枢软弱，无力节制各路军阀，只得派中书舍人陆漾波前往调解——劝说双方停战。
